Осенью 1941 года в цехах Барнаульского вагоноремонтного завода разместилось оборудование эвакуированных из Москвы, Днепропетровска, Рославля заводов. Линейный цех завода был переведен на изготовление корпусов артиллерийских снарядов. Механический цех завода увеличил выпуск продукции за время войны в 25 раз, то есть за одни сутки давал ее столько, сколько в довоенные годы в течение месяца. Завод поставил фронту миллионы снарядов, 3 ремонтно-восстановительных поезда, несколько банно-санитарных поездов, 2 тысячи железных печей-времянок, 1700 вагонов.

В ноябре 1942 года указом президиума Верховного Совета СССР "За образцовое выполнение задания правительства по производству боеприпасов" в числе первых Барнаульский ВРЗ был награжден орденом Трудового Красного Знамени, а в августе 1944 года — памятным Знаменем Государственного Комитета Обороны. В 1946 года ему было оставлено на вечное хранение переходящее Красное знамя Министерства путей сообщения и ЦК профсоюза.